महालेखा नियन्त्रक कार्यालयको प्रमूख कार्यहरु :
आर्थिक कार्यविधि तथा वित्तीय उत्तरदायित्व सम्बन्धी ऐन, नियम र अन्य सार्वजनिक वित्तीय व्यवस्थापन सम्बद्ध कानुनहरूको अधिनमा रही नेपाल सरकारको आम्दानी, खर्च तथा सम्पत्ति र दायित्वको लेखाङ्कन, हिसाब समायोजन एवं प्रतिवेदन गर्ने सम्बन्धमा महालेखा नियन्त्रक कार्यालयका कार्यहरु देहाय बमोजिम छन् ।
- सङ्घीय सञ्चित कोषको सञ्चालन र व्यवस्थापन गर्ने,
- तीनै तहको सरकारको एकीकृत वित्तीय विवरण तयारी गर्ने,
- नेपाल सरकारको लेखाढाँचा स्वीकृत गराइ कार्यान्वयन गर्ने गराउने,
- वैदेशिक स्रोतबाट भएको कारोबारको अभिलेख, हिसाब मिलान र प्रतिवेदन गर्ने,
- सङ्घीय तहका कार्यालयहरुको आन्तरिक लेखापरीक्षण गर्ने,
- प्रदेश तथा स्थानीय तहमा सङ्घीय सरकारबाट हुने वित्तीय हस्तान्तरणको हिसाव राख्ने,
- सरकारको निवृत्तिभरण दायित्वको व्यवस्थापन गर्ने,
- सरकारी सम्पत्तिको केन्द्रीय अभिलेख र प्रतिवेदन गर्ने,
- आर्थिक प्रशासन सञ्चालन सम्बन्धी प्रणाली विकास र कार्यान्वयन गर्ने गराउने,
- आर्थिक प्रशासन सञ्चालनमा संलग्न कर्मचारी प्रशासन सम्बन्धी कार्यहरु गर्ने,
- सरकारी लेखाको मापदण्ड विकास र कार्यान्वयन गर्ने,
- आन्तरिक नियन्त्रण प्रणाली विकास र कार्यान्वयन गर्ने,